Сложности при увольнении

Добрый день!

Подскажите пожалуйста как лучше поступить. Ситуация следующая: Сотрудница перестала ходить на работу с конца марта, сейчас она подала жалобу в трудовую инспекцию о том, что ей не выплачивают заработную плату. Хотя официально она всё получила на карту. То есть, она говорит о том, что она сейчас работает. Уволить её сложно, так как из-за ошибки менеджера по персоналу у нас нет её трудовой книжки и нет заявление об увольнении, на руках только трудовой договор. Журнала посещений у нас нет. Как можно доказать её отсутствие на работе и уволить?

Буду благодарен за комментарии!