Здравствуйте.
Ключевой момент: вы не получали компенсацию. Когда вы официально отказались от денежных и прочих компенсаций по программе, вы тем самым заявили, что не претендуете на возмещение расходов, включая госпошлину за гражданство. А льгота (освобождение от уплаты) по Налоговому кодексу (ст. 333.29 НК РФ) для участников программы переселения — это именно альтернатива: либо вы платите и потом подаёте на компенсацию, либо сразу пользуетесь льготой и не платите вообще. Поскольку вы выбрали второй вариант (отказ от компенсаций), государство не несло этих расходов — требовать их возврата не с чего.
В этой ситуации есть несколько важных моментов!
Если Вам нужна очень подробная консультация по Вашему вопросу и порядку действий, напишите мне в личное сообщение (чат). Вот ссылка для перехода в этот чат: pravoved.ru/lawyer/2384674/