Как выделить доли детям в квартире с маткапиталом после смерти отца-заемщика?

Здравствуйте! 

Право собственности на квартиру в ЕГРН сейчас зарегистрировано на бывшего супруга, или на Ваше имя, или в совместной собственности находится жилое помещение, согласно сведениям из ЕГРН?

Так, поскольку приобретение жилого помещения было в браке ( брак зарегистрирован официально),  то доля пережившего  супруга не входит в состав наследства ( жилое помещение находится в совместной собственности). В состав наследства входит только  умершего доля супруга, согласно ст. 1150 ГК РФ. 

Дети — единственные наследники, родители бывшего мужа отказались от наследства в пользу детей. 

Вы пишите, что дети приняли наследство после смерти отца, родители отказались . 

У Вас возникает право на оформление жилого помещения в общую собственность всей членов семьи в течение 6 месяцев со дня погашения регистрационной записи об ипотеке, согласно Постановлению Правительства РФ от 12.12.2007 N 862 «О Правилах направления средств (части средств) материнского (семейного) капитала на улучшение жилищных условий». 

Таким образом, если жилое помещение уже находится в долевой собственности Вашей и детей, то обязательства уже выполнено, согласно ч. 4 ст. 10 Федерального закона «О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей» от 29.12.2006 N 256-ФЗ.