Логику вы выстроили верно: контракт до 53 лет закончится сроком, а не предельным возрастом, и основание увольнения будет другим. Разница есть, и она не в пенсии и не в единовременном пособии, а в трёх гарантиях, которые закон привязывает именно к льготным основаниям увольнения.
Что при вашей выслуге одинаково в обоих случаях. Пенсия за выслугу лет считается от выслуги, а не от основания. Единовременное пособие при увольнении при выслуге двадцать лет и более выплачивается в повышенном размере и по обоим этим основаниям, поскольку ни одно из них не входит в перечень «виновных». Статус ветерана военной службы вы уже имеете по выслуге. Жильём вы обеспечены, поэтому жилищная гарантия для вас практического значения не имеет.
Что различается. Право на бесплатную профессиональную переподготовку по одной из гражданских специальностей предоставляется увольняемым по достижении предельного возраста, по состоянию здоровья и по организационно-штатным мероприятиям. При увольнении по истечении срока контракта такого права нет.
Дальше медицинское обеспечение, и это самое весомое. Право на медицинскую помощь в военно-медицинских организациях после увольнения сохраняется за уволенными по достижении предельного возраста, по состоянию здоровья или по организационно-штатным мероприятиям при общей продолжительности службы двадцать лет и более (ст. 16 Федерального закона № 76-ФЗ). Увольнение по истечении срока контракта в этот перечень не входит, и при вашей выслуге в 32 года вы потеряете именно эту гарантию, причём пожизненно и без возможности восстановить её потом.
Третье это жилищная гарантия: без предоставления жилья военнослужащий с выслугой десять лет и более не увольняется по возрасту, здоровью и ОШМ (ст. 23 Федерального закона № 76-ФЗ). Для вас сейчас не актуально, но если жилищный вопрос когда-нибудь откроется заново, основание будет иметь значение.
Отсюда практический вывод, ради которого всё это и считается. Не заключайте контракт на три года. Заключайте его до достижения предельного возраста, то есть до 55 лет. Тогда контракт и предельный возраст совпадут по дате, и увольнение пройдёт по достижении предельного возраста со всеми льготными последствиями. Срок нового контракта это ваш выбор при подаче рапорта, и именно он решает, какое основание будет в приказе через несколько лет.
Один вопрос по формулировке рапорта: вы планируете указывать конкретный срок в годах или готовы написать «до достижения предельного возраста пребывания на военной службе»? Вторая формулировка закрывает вопрос об основании увольнения заранее, первая оставляет его открытым.