Статус индивидуального предпринимателя не создает новое лицо, а лишь определяет налоговый режим физического лица, осуществляющего предпринимательскую деятельность и позволяет эту деятельность осуществлять. В соответствии со ст. 24 Гражданского кодекса РФ
Статья 24. Имущественная ответственность гражданина
Гражданин отвечает по своим обязательствам всем принадлежащим ему имуществом, за исключением имущества, на которое в соответствии с законом не может быть обращено взыскание.
Причем, данная ответственность не зависит от того, отвечает гражданин по обязательствам, связанным с предпринимательской деятельностью или иным обязательствам.
Налоговые обязательства физического лица, имеющего статус ИП связаны с предпринимательской деятельностью, но отвечает по ним физическое лицо в том числе и тем имуществом, которое он в предпринимательской деятельности не использовал. К этому имуществу относятся и денежные средства физического лица, в том числе находящиеся на счетах, не связанных с предпринимательской деятельностью.
Налоговый кодекс не содержит (и не может содержать по смыслу, следующему из нормы выше) никаких ограничений в отношении того, что налоговые платежи и платежи во внебюджетные фонды ИП обязан осуществлять только из доходов, полученных в результате предпринимательской деятельность.
Мало того, если данных средств недостаточно, физическое лицо-ИП обязано использовать иное принадлежащее ему имущество для исполнения обязательств перед бюджетом и внебюджетными фондами, а также перед иными лицами, являющимися кредиторами данного ИП.
То есть в данном случае ИП не просто может, а обязан оплатить налог из иных принадлежащих ему средств любыми доступными ему способами, в том числе и указанным вами способом. А также с банковской карты, с любого принадлежащего вам банковского счета и так далее.
Такой платеж также отражается в книге учета доходов и расходов.
Что касается системы Эльба, то хотя данный ресурс (Правовед) и является партнером системы Эльба, все же данный вопрос лучше задать специалистам по Эльбе на сайте системы. Консультирующие здесь юристы никакого отношения к Эльбе не имеют, хотя и могут быть с ней знакомы.