Полагаю, что если уголовное дело передали в прокуратуру, то для утверждения обвинительного акта. То есть в настоящее время в уголовном деле имеется допрос подозреваемого, который производился с адвокатом, где сын признался, что совершал угрозу убийством. Такое дело, если в деле нет технических ошибок со стороны дознавателя будет направлено в суд.
Свидетели о которых вы указываете не допрошены в ходе расследования, иначе их показания по делу были бы опровергнуты, по крайней мере с таким противоречием прокурор не утвердит обвинительный акт.
Если сын согласился на особый порядок, ему необходимо в суде отказаться от рассмотрения дела в особом порядке, иначе доказывать в суде ничего не придется, и свидетелей с его стороны он уже не пригласит для допроса.
Со свидетелями надо работать, посоветуйте сыну обратиться за помощью к адвокату для этого. Есть такое выражение, суд принимает решение не на основании правды, а на основании представленных доказательств.
Не понятно про какую лицензию вы говорите, и причем тут она, по поводу паспорта необходимо заявить в полицию, чтобы они разбирались в отношении сотрудников своих. В суде, чтобы заявлять об избиении сотрудниками полиции необходимо иметь доказательства, иначе это будет выглядеть как попытка виновного уйти от ответственности.
Есть реальная возможность прекратить дело в связи с примирением с матерью, но она должна написать такое заявление на имя судьи, и представить сведения о том, что виновный загладил причиненный вред, компенсировал.
Но такое заявление судье дает право прекратить дело, но обязанности такой не возникает. Тут будет зависеть от личности подсудимого.
То что адвокат просит 35 тысяч руб. и обещает замять дело — это просто жульман, а не адвокат. Можете в ОСБ полиции и написать заявление о данном факте, пусть адвоката и этого следователя берут на взятке.