Как удалить информацию из базы данных МВД?

Легально никак. Там информация по всем делам, независимо от того, был приговор, прекратили, или следствие приостановлено.

Организации, только если она не относится к правоохранительной, судебной, муниципальной системе (где предъявляются требования к отсутствию фактов привлечения к уголовной ответственности кандидата), подобные сведения из МВД не выдадут в законном порядке (не исключаем факт использования личных отношений с нерадивыми сотрудниками МВД), так как эти сведения относятся к персональным данным, разглашение которых третьим лицам запрещено, в соответствии с п.1 ст.3 ФЗ от 27.07.2006 № 152-ФЗ «О персональных данных» и ст.7 того же закона. Поэтому данная графа в анкете вряд ли может быть перепроверена законным способом. А Вы, в соответствии со ст.51 Конституции РФ, имеете право не сообщать о себе факт привлечения к уголовной ответственности, так как подобная информация явно не в Вашу пользу.  Смело указывайте, что судимости не имеете (на самом деле так и есть), а если будет запрошено: «привлекались ли Вы к уголовной ответственности?» также можете сообщить, что не привлекались, а если это вдруг каким-то чудесным образом выявится, Вы всегда можете сослаться на ст.51 Конституции РФ.