Смешно читать фразы отношения к налогу при УСН не имеющие — «налоговым агентом по данному налогу является ИП» Налоговый агент на самом деле это тот, на кого законодательством возложена обязанность за уплату налога за других лиц.
По сути тут можно сказать только одно. Этот вопрос тут вам не решить. Все эти письма и прочее это все пустое.
Посему. Вам надо прийти в налоговую попросить сверку (это можно сделать и не будучи в статусе ИП), при себе надо иметь документы об оплате налога за период, который с вас требуют, старый акт сверки.
Вот и все. Если по итогам будет что-то не так, то надо написать возражения на сверку. Это процедура предусмотренная НК РФ. Все написанное о меня к этому отношения не имеет. Никто за вас не будет защищать ваши права.
Кроме того, из вопроса не ясно а вам то перечислялся излишне уплаченный налог. Если да, то тогда если не было зачета, то налог по итогам года действительно мог быть не уплачен.
Вообщем вопрос требует уточнения и для точного ответа надо видеть документы. А все ответы типа напишите и приложите это все от лукавого.