Как подать на развод, если есть только копии документов?

Статья 21 СК РФ

Расторжение брака в судебном порядке
1. Расторжение брака производится в судебном порядке при наличии у супругов общих несовершеннолетних детей

Статья 28 ГПК РФ

Предъявление иска по месту жительства или месту нахождения ответчика.
Иск предъявляется в суд по месту жительства ответчика.

Статья 29. Подсудность по выбору истца
4. Иски о расторжении брака могут предъявляться также в суд по месту жительства истца в случаях, если при нем находится несовершеннолетний или по состоянию здоровья выезд истца к месту жительства ответчика представляется для него затруднительным.

При подаче искового заявления копии документов будет достаточно.

Если суд решит что необходимы подлинники — ходатайствовать об истребовании документов.

Наталья, если хотите в этом деле иметь хоть какие-то шансы, подавайте на определение места жительства обоих детей с Вами. И на алименты, и по месту Вашей регистрации — в Московский районный суд. 

Ваша проблема при подготовке указанного иска — это далеко не отсутствие подлинников документов — их дубликаты не сложно получить. Ваша проблема — Ваша нынешняя жизненная ситуация, что дети фактически проживают отдельно от Вас. 

Здесь, прежде чем идти в суд, надо очень о многом поговорить. О сроках сейчас не спрашивайте, это совершенно неуместно.