Здравствуйте, подскажите пожалуйста, в какой орган и как написать заявление на амнистию?

Приветствую Вас.

Амнистия объявляется Государственной Думой Федерального Собрания Российской Федерации в отношении индивидуально не определенного круга лиц. Актом об амнистии лица, совершившие преступления, могут быть освобождены от уголовной ответственности. 

Помимо самого акта об амнистии Государственная Дума обычно принимает постановление о порядке применения этого акта, в котором разъясняет вопросы, связанные с его реализацией (определяются органы, на которые возложено исполнение амнистии; раскрывается содержание терминов, использованных в акте об амнистии, и т.д.).
Когда будет амнистия, будет принято соответствующее постановление с разъяснениями. На данный момент будет ли амнистия сказать нельзя.