Здравствуйте, Татьяна.
во первых ваша организация проверилась за указанный период, и соответственно все документы или их большая часть были предоставлены в налоговую инспекцию, по данной проверки есть акт.
но в Вашей ситуации насколько я понимаю существенным фактом будет уничтожение запрошенных документов.
таким образом Вам необходимо подтвердить, что документы отсутствуют у Вас в оригинале, были уничтожены когда и при каких обстоятельствах.
как минимум у Вас должен быть внутренний акт, определение перечня или группы документов которые уничтожены.
можно обратить внимание на следующую позицию:
Статья: Повторные выездные налоговые проверки: новое в судебной практике(Чуряев А.)(«Налоговый учет для бухгалтера», 2010, N 10)Чуряев А. Повторные выездные налоговые проверки: новое в судебной практике // Налоговый учет для бухгалтера. 2010. N 10. С. 74 — 84.
К похожим выводам пришли Арбитражный суд Волгоградской области в Решении от 20.02.2009 и Двенадцатый арбитражный апелляционный суд в Постановлении от 13.04.2009 по делу N А12-681/2009. Рассматривая спор о возможности проведения вышестоящим налоговым органом повторной выездной налоговой проверки после оценки судом результатов первоначальной проверки, указанные суды подчеркнули, что выводы судов о незаконности результатов первоначально проведенной проверки являются самостоятельным препятствием для перепроверки вышестоящим налоговым органом выводов налогового органа, проводившего проверку. Иными словами, при наличии судебного акта по результатам обжалования решения, принятого по первоначально проведенной проверке, у вышестоящего налогового органа отсутствует право проведения повторной выездной налоговой проверки.Для преодоления подобного формализма ВАС РФ вынужден был скорректировать складывающуюся судебную практику и разъяснить нижестоящим судам истинный смысл Постановления Конституционного Суда РФ от 17.03.2009 N 5-П. Такое толкование дано судом надзорной инстанции в Постановлении от 16.03.2010 N 14585/09 при рассмотрении конкретного дела.В частности, Президиум ВАС РФ подчеркнул, что правовая позиция Конституционного Суда РФ «нацеливает на необходимость в каждом конкретном случае исследовать вопрос о том, исключает или не исключает повторная выездная налоговая проверка принятие по ее результатам решения, вступающего в противоречие с ранее установленными судом фактическими обстоятельствами и имеющимися в деле доказательствами, подтвержденными действующим судебным актом». Иными словами, как отметил арбитражный суд надзорной инстанции, правовая позиция Конституционного Суда РФ «не охватывает случаев, когда объективно исключена возможность возникновения указанных противоречий, в частности, если при рассмотрении другого дела суд не давал оценки доказательствам и фактическим обстоятельствам, а также сделанным инспекцией на их основе выводам, обоснованность и законность которых являются предметом контроля вышестоящего налогового органа при проведении повторной проверки».
Учитывая, что наряду с общей целью, установленной в ст. 87 НК РФ, и присущей всем налоговым проверкам, которая заключается в контроле за соблюдением налогоплательщиками, плательщиками сборов, налоговыми агентами законодательства о налогах и сборах, при проведении повторных выездных налоговых проверок в порядке контроля за деятельностью налогового органа проводившего проверку, ставится еще одна цель по выявлению нарушений законодательства о налогах и сборах должностными лицами налогового органа, проводившего проверку, в качестве еще одной особенности таких проверок следует отметить, что перепроверке не подлежат те периоды деятельности налогоплательщика, которые не были охвачены при первичной проверке.Выездные налоговые проверки, проведенные вышестоящими налоговыми органами за пределами уже проверенных периодов, не являются повторными выездными налоговыми проверками и проводятся в общеустановленном порядке.Кроме того, согласно п. 10 ст. 89 НК РФ (в новой редакции) при проведении повторной выездной налоговой проверки по указанному основанию период, который может быть проверен, не может превышать трех календарных лет, предшествующих году, в котором вынесено решение о проведении повторной выездной налоговой проверки.
Постановление ФАС Волго-Вятского округа от 31.08.2009 по делу N А17-6799/2008"… Как установлено судом, на момент истребования у Общества отсутствовали первичные бухгалтерские документы и иные документы, запрошенные налоговым органом в ходе проведения выездной налоговой проверки. Отсутствие документов связано с уничтожением их в результате произошедшей аварии системы отопления в помещении архива. Данное обстоятельство подтверждено актом осмотра помещения от 09.11.2007, составленным начальником ЖРЭУ N 12, актом от 09.11.2007 комиссии Общества, показаниями работников МУП РЭУ, то есть истребованные документы по независящим от Общества причинам не могли были представлены в налоговый орган в ходе проведения выездной налоговой проверки.Налоговый орган не представил доказательств, свидетельствующих о том, что до произошедшей аварии системы отопления у Общества отсутствовали документы, подтверждающие полученные доходы и расходы в течение 2005 — 2007 годов и что учет на предприятии велся ненадлежащим образом.Доказательства, свидетельствующие о ненадлежащем хранении Обществом документов, утрате документов по его вине и о наличии реальной возможности представить документы по требованию налогового органа в материалах дела отсутствуют.Учитывая изложенное, суд пришел к выводу о том, что вина Общества в совершении правонарушений, предусмотренных пунктом 2 статьи 120 и пунктом 1 статьи 126 Кодекса отсутствует, а следовательно, не имеется оснований для привлечения предприятия к налоговой ответственности по указанным статьям..."
Соглашусь с коллегой, чтобы избежать неприятностей с налоговой, вам нужно в любом случае оформить документы о гибели первичных документов и провести инвентаризацию, по ее результату предоставить документы в налоговую.
По поводу периодичности проверок ст. 89 НК РФ:
Т.е. необходимо обоснование налоговой проверки областной налоговой, если проверке подлежит тот же налоговый период по тем же налогам.
В ином случае есть повод для обжалования действий областной налоговой.