Доходы от продажи квартиры являются объектом обложения НДФЛ, следовательно налог должен быть начислен, уменьшен на соответствующие вычеты, и если вычеты не превышают налог — уплачен.
Приобретение другой квартиры не является основанием для уменьшения базы по НДФЛ от продажи квартиры.
Существуют нюансы с вычетами и с периодами, но из вопроса о них неизвестно, т.е. Нужно указать в каком периоде была продажа и покупка квартиры, использовался ли вычет по приобретению квартиры, есть ли документы, которые подтверждают расходы на приобретение квартиры, которая была реализована.