п. 48, приказа 200 от 2001 года не отменен и действует, но только в отношении в/сл срочной службы.
Военнослужащие имеют право на проезд на безвозмездной основе: железнодорожным, воздушным, водным и автомобильным (за исключением такси) транспортом в служебные командировки, в связи с переводом на новое место военной службы, к местам использования дополнительных отпусков (только военнослужащие, проходящие военную службу по призыву).
Это наш законнодатель так решил.(Федеральный закон от 08.11.2011 N 309-ФЗ, от 04.11.2014 N 342-ФЗ).
А причем тут приказ 200 от 2006 года? Ведь выдача ВПД регламентируется Приказом МО РФ от 06.06.2001 N 200 (ред. от 11.08.2010) "Об утверждении Руководства по оформлению, использованию, хранению и обращению с воинскими перевозочными документами в Вооруженных Силах Российской Федерации"
(Зарегистрировано в Минюсте РФ 30.11.2001 N 3061) а там 48 пунктом оговариваются причины по которым ВПД в отпуск по личным обстоятельствам выдаются
В Ваше вопросе данный приказ был указан