Произошла оплата патента днем позже

Уточните, пожалуйста, о каком патенте идет речь? 

Налогоплательщики производят уплату налога по месту постановки на учет в налоговом органе в следующие сроки :1) если патент получен на срок до шести месяцев, — в размере полной суммы налога в срок не позднее срока окончания действия патента;2) если патент получен на срок от шести месяцев до календарного года: в размере одной трети суммы налога в срок не позднее девяноста календарных дней после начала действия патента; в размере двух третей суммы налога в срок не позднее срока окончания действия патента.

Если Вы пропустили эти сроки, то да, Вы утратили право на применение патентной системы налогообложения.