Продажа дома с земельным участком, как рассчитать НДФЛ

Хотел бы у Вас уточнить, Вы как понимаю продали одновременно дом, с земельным участком, то в договоре купли-продаже Вы указывали отдельно цену за дом и землю, или цена была общая?

Согласно ГК РФ

Статья 130. Недвижимые и движимые вещи
[Гражданский кодекс РФ] [Глава 6] [Статья 130]

1. К недвижимым вещам (недвижимое имущество, недвижимость) относятся земельные участки, участки недр и все, что прочно связано с землей, то есть объекты, перемещение которых без несоразмерного ущерба их назначению невозможно, в том числе здания, сооружения, объекты незавершенного строительства.
К недвижимым вещам относятся также подлежащие государственной регистрации воздушные и морские суда, суда внутреннего плавания, космические объекты. Законом к недвижимым вещам может быть отнесено и иное имущество.

То есть в Вашем случае, то, что изменилось целевое предназначение объекта (дома), не прерывает срок владения данным объектом.

Следовательно Вы не должны платить налог, так как и земельным участком и домом Вы фактически владеете больше 3-х лет.

Статья 217. Доходы, не подлежащие налогообложению (освобождаемые от налогообложения)[Налоговый кодекс РФ] [Глава 23] [Статья 217]

Не подлежат налогообложению (освобождаются от налогообложения) следующие виды доходов физических лиц:

17.1) доходы, получаемые физическими лицами, являющимися налоговыми резидентами Российской Федерации, за соответствующий налоговый период от продажи жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, дач, садовых домиков или земельных участков и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика три года и более, а также при продаже иного имущества, находившегося в собственности налогоплательщика три года и более.

Согласно п. 1 ст. 220 Налогового кодекса РФ, при определении размера налоговой базы в соответствии с пунктом 3 статьи 210 настоящего Кодекса налогоплательщик имеет право на получение имущественных налоговых вычетов в суммах, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, дач, садовых домиков или земельных участков и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика менее трех лет, но не превышающих в целом 1 000 000 рублей.

Тот факт, что объект недвижимого имущества находится в стадии строительства, не имеет самостоятельного правового значения в целях определения размера имущественного налогового вычета, так как основополагающим критерием для отнесения имущества к одной из выделенных в ст. 220 Налогового кодекса РФ групп является его назначение в соответствии с правоустанавливающими документами.

Кроме того, из буквального толкования положений ст. 220 Налогового кодекса РФ следует, что в перечень имущества, продажа которого влечет за собой возможность применения налогового вычета в повышенном размере, включены исключительно объекты недвижимого имущества, к которому в силу статьи 130 Гражданского кодекса РФ также отнесены объекты незавершенного строительства.

Согласно ст. ст. 130, 219 Гражданского кодекса РФ и ст. 25 Федерального закона № 122-ФЗ «О государственной регистрации прав на недвижимое имущество и сделок с ним» права на объект незавершенного строительства как недвижимое имущество должны быть зарегистрированы в установленном порядке и возникают с момента регистрации. Соответственно, возможность применения налоговых льгот, реализуемых в праве на применение имущественного налогового вычета, связана с моментом государственной регистрации права. Таким образом, с даты государственной регистрации права, на объекты незавершенного строительства распространяется режим, установленный для недвижимого имущества, без каких-либо изъятий и ограничений, что предопределяет идентичность правовых последствий в сфере гражданских и налоговых правоотношений.

Таким образом уплачивать НДФЛ при продаже указанного дома и земельного участка не надо, так как Вы владеете им более трех лет

В приложении решение суда о признании решения ИФНС о взыскании НДФЛ в аналогичной ситуации незаконным