Здравствуйте!
Вопрос на самом деле спорный и ответ на него законом не определен никак.
1. Поступления от продажи здания магазина не могут рассматриваться в качестве доходов от деятельности, облагаемой ЕНВД.
2. Доходы, получаемые физическими лицами, от продажи иного имущества, находившегося в собственности три года и более, не облагаются НДФЛ (п. 17.1 ст. 217 НК РФ).
Однако положения настоящего пункта не распространяются на доходы, получаемые физическими лицами — ИП от продажи имущества, непосредственно используемого в предпринимательской деятельности. Имущественным вычетом ИП вправе воспользоваться только в отношении доходов от продажи имущества, не связанного с осуществлением предпринимательской деятельности.Названное ограничение обоснованно, поскольку ст. 221 НК РФ ИП предоставлено право на получение профессионального налогового вычета по доходам от осуществления предпринимательской деятельности.Вместо права на имущественный налоговый вычет ИП, предоставлено право на получение профессиональных налоговых вычетов и уменьшение своей налогооблагаемой базы на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов.Если налогоплательщик не может документально подтвердить произведенные расходы, профессиональный налоговый вычет предоставляется по нормативу — 20% от общей суммы полученного индивидуальным предпринимателем дохода. В этом случае нужно смотреть, перешел предприниматель на УСНО или нет. Если применяется общая система или спецрежим в виде ЕНВД (что в данном случае не имеет никакого значения), то возникает обязанность по уплате не только НДФЛ, но и НДС.
По мнению заместителя начальника отдела налогообложения доходов физических лиц Департамента налоговой и таможенно-тарифной политики Минфина России Н.Н. Стельмаха, в Вашей ситуации льгота, предусмотренная п. 17.1 ст. 217 НК РФ, не применяется. Ни судебной практики, ни официальных разъяснений по этому поводу нет.
Тем не менее субъектный состав продавца четко определен — это предприниматель. Таким образом, если имущество в момент реализации не используется в предпринимательской деятельности и продается лицом, прекратившим данную деятельность, в силу абз. 1 п. 17.1 ст. 217 НК РФ оно не должно облагаться НДФЛ. Конечно, это лишь одно из возможных толкований, но до тех пор, пока п. 7 ст. 3 НК РФ не отменен (все неустранимые сомнения, противоречия и неясности актов законодательства о налогах и сборах толкуются в пользу налогоплательщика (плательщика сборов)), суд обязан им руководствоваться.
Подробнее на forum.consultant.ru/viewtopic.php?id=34499
Владимир, на этот счет Минфин России (письмо от 20.08.2012 N 03-11-11/25)
ГАРАНТ.РУ: www.garant.ru/consult/business/551624/#ixzz3UYtcKqGT
Так номер дела напишите, в Вашей ссылке нет информации о том, что ИП прекратило деятельность на момент продажи.