Боюсь, что Вас обманули в тот момент, когда предоставили счет и сказали просто перечислить средства. Вам нужно поднять и изучить заключенный с банком кредитный договор. Дело в том, что Вам для верности следовало написать заявление в банк с просьбой принять перечисленную сумму для досрочного погашения кредита и потребовать выдать Вам справку об отсутствии задолженности. А у Вас получилось, что Вам просто открыли счет, на который Вы перечислили деньги и с этого счета в соответствии с графиком платежей снималась сумма. Т.е. досрочного погашения кредита произведено не было.
Пытаться оспаривать данные действия банка Вам будет очень трудно, поскольку у Вас по сути нет никаких доказательств, свидетельствующих о том, что перечисляя всю сумму, Вы хотели досрочно погасить кредит.
Для окончательного «диагноза» данной ситуации Вам нужно еще раз прочитать кредитный договор (условия о досрочном погашения) и правила кредитования, утвержденные банком.
Если выяснится, что действия банка соответствуют договору и правилам, то Вам, увы, нужно будет погашать этот кредит до конца в том остатке, который образовался.