Здравствуйте,
Да, доходы от продажи подлежат налогообложению. И вот почему.
Трехлетний срок владения имуществом, для получения освобождения от НДФЛ, отсчитывается с момента получения имущества в собственность. При этом право собственности на недвижимое имущество возникает с момента регистрации такого права в Едином государственном реестре прав на недвижимое имущество и сделок с ним (п. 1 ст. 131, п. 2 ст. 223 ГК РФ).
Из этого следует, что, если недвижимое имущество переходило к третьим лицам, срок отсчитывайтся с момента его последнего приобретения. При этом общая продолжительность владения имуществом значения не имеет.
Аналогичные разъяснения содержатся в письме Минфина России от 20 ноября 2012 г. № 03-04-05/9-1324.