1. Если ИП имеет в собственности или иным образом использует помещение (аренда, субаренда и т.д.) для торговли, то он обязан встать на учет, даже если деятельность не ведется.
Исключение составляют случаи, если ИП осуществляет деятельность на основании патента или применяет ЕСХН (п. 2 ст. 411 НК РФ).
Если ведение деятельности в дальнейшем не планируется, лучше прекратить деятельность в качестве ИП, предварительно встав на учет как плательщик торгового сбора.
2. Все зависит от того, находится ли данный склад в собственности ООО или принадлежит на праве аренды и т.п.?
Если склад принадлежит иной компании, с которой, например, заключен договор хранения товара, то сбор будет уплачивать та самая компания, которая осуществляет хранение.