Возможно ли выставлять счета с НДС только для определенных клиентов ООО?

Добрый день! Да, можно. Если в вашем ООО доля участия другого ООО составляет более 25%, то применять УСН вы уже не можете в соответствии со ст. 346.12 НК РФ:

3. Не вправе применять упрощенную систему налогообложения:
14) организации, в которых доля участия других организаций составляет более 25 процентов.

При этом ваше ООО должно подать в налоговую уведомление об утрате права применения УСН по форме 26.2-2 в течение 15 дней с момента внесения изменений в ЕГРЮЛ.

для одного клиента выставлять счета с НДС (отчитываться по общей системе), для других клиентов — без НДС (отчитываться по вмененке)
Ольга Сергеевна

Вы можете совмещать ОСНО и ЕНВД в соответствии со ст. 346.26 НК РФ. При этом вы обязаны вести раздельный учет и сдавать отчетность ежеквартально: декларация по НДС, декларация по налогу на прибыль и декларация по ЕНВД.

Здравствуйте, Ольга.

Да, ООО вправе совмещать одновременно несколько режимов налогообложения.

В тоже время, если ОСНО ведется только в отношении контрагента это затратно и нецелесообразно. Как части трудозатрат бухгалтера, так и финансовой стороны.

ООО обязано организовать раздельный учет с помощью распределения всех доходов и расходов на несколько групп.
Доходы разделите на три группы:
1) от деятельности на УСН;
2) от деятельности на ЕНВД;

3) от деятельности на ОСНО.

Расходы необходимо разделить на четыре группы:
1) связанные с деятельностью на УСН;
2) связанные с деятельностью на ЕНВД;

3) связанные с деятельностью на ОСНО
4) одновременно связанные с деятельностью организации на УСН, на ЕНВД, на ОСНО (например, общехозяйственные расходы).

Раздельный учет по разным видам деятельности можно вести с помощью дополнительных субсчетов, открытых к счетам учета доходов и расходов.

Общие расходы, которые одновременно относятся к разным видам деятельности, надлежит распределять пропорционально доле доходов от каждого из них в общем объеме доходов (п. 8 ст. 346.18 НК РФ).

При расчете пропорции в состав доходов включается не не только выручку от
реализации, но и внереализационные доходы. Доходы, перечисленные в статье 251 НК РФ, при формировании пропорции не учитываются. Об этом сказано в письмах Минфина России от 28 апреля 2010 г.№ 03-11-11/121, от 23 ноября
2009 г. № 03-11-06/3/271 и от 17 ноября 2008 г. № 03-11-02/130.

Кроме того с 1 января 2014 года декларации по НДС предоставляются в ИФНС в электронном виде (п. 5 ст. 174 НК РФ).