Какова процедура вывода средств с ООО в данном случае?

Юлий, позволю себе спросить, Вы будете предоставлять услуги, с Вами будут рассчитываться и Вы хотите пользоваться полученными средствами. Я правильно понял Ваше желание?

Не имеет значения как деньги поступили на счет вашего ООО. Вы их выводите путем получения зарплаты, выплаты премии, получением дивидендов. Суммы, поступающие на счет компании облагаются налогом, который зависит от выбранной вами системы налогообложения.

Рассмотрите вариант открытия ИП, вместо ООО. Со счета ИП вы можете снимать деньги когда угодно и сколько угодно. Один минус — отвечаете по долгам своим имуществом и ежегодно оплачиваете взносы в фонды независимо от того, ведете деятельность или нет.