Каков порядок удержания подоходного налога при работе по совместительству?

Здравствуйте, Юрий.
Описанные вами доходы облагаются по одинаковой общей ставке НДФЛ — 13%.
Возможно, разница возникла из-за того, что в одном месте у вас применяется стандартный налоговый вычет на детей, а в другом нет.

Статья 218. Стандартные налоговые вычеты
1. При определении размера налоговой базы в соответствии с пунктом 3 статьи 210 настоящего Кодекса налогоплательщик имеет право на получение следующих стандартных налоговых вычетов:
4) налоговый вычет за каждый месяц налогового периода распространяется на родителя, супруга (супругу) родителя, усыновителя, опекуна, попечителя, приемного родителя, супруга (супругу) приемного родителя, на обеспечении которых находится ребенок, в следующих размерах:
1 400 рублей — на первого ребенка;
1 400 рублей — на второго ребенка;
3 000 рублей — на третьего и каждого последующего ребенка;
3 000 рублей — на каждого ребенка в случае, если ребенок в возрасте до 18 лет является ребенком-инвалидом, или учащегося очной формы обучения, аспиранта, ординатора, интерна, студента в возрасте до 24 лет, если он является инвалидом I или II группы.
Налоговый вычет предоставляется родителям, супругу (супруге) родителя, усыновителям, опекунам, попечителям, приемным родителям, супругу (супруге) приемного родителя на основании их письменных заявлений и документов, подтверждающих право на данный налоговый вычет.

3. Установленные настоящей статьей стандартные налоговые вычеты предоставляются налогоплательщику одним из налоговых агентов, являющихся источником выплаты дохода, по выбору налогоплательщика на основании его письменного заявления и документов, подтверждающих право на такие налоговые вычеты.