Добрый день!
По месту нахождения филиала, не выделенного на отдельный баланс, не имеющего расчетного счета и находящегося в другом субъекте РФ, необходимо уплачивать НДФЛ.
На основании п. 1 ст. 226 НК РФ организации признаются налоговыми агентами по налогу на доходы физических лиц в отношении выплаченных физическим лицам доходов, указанных в п. 2 ст. 226 НК РФ, и обязаны исчислить, удержать у налогоплательщика и уплатить в бюджет сумму налога, исчисленную в соответствии со ст. 224 НК РФ.
В соответствии с п. 7 ст. 226 НК РФ сумма налога, исчисленная и удержанная налоговым агентом у налогоплательщика, в отношении которого он признается источником дохода, уплачивается по месту учета налогового агента в налоговом органе.
При этом налоговые агенты - российские организации, имеющие обособленные подразделения, обязаны перечислять исчисленные и удержанные суммы налога как по месту своего нахождения, так и по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения. Сумма налога, подлежащая уплате в бюджет по месту нахождения обособленного подразделения, определяется исходя из суммы дохода, подлежащего налогообложению, начисляемого и выплачиваемого работникам этих обособленных подразделений.
Таким образом, головная организация должна исчислять и уплачивать налог на доходы физических лиц как по месту своего нахождения, так и по месту нахождения обособленных подразделений. При этом сумму налога, исчисленную с доходов, полученных работниками обособленных подразделений необходимо перечислить в бюджет по месту нахождения обособленных подразделений (см. также письма Минфина России от 20.11.2008 N 03-02-07/1-469, от 13.11.2006 N 03-05-01-04/311, от 19.05.2006 N 03-05-01-04/129 и от 29.06.2006 N 03-05-01-04/194).
Согласно п. 2 ст. 230 НК РФ налоговые агенты представляют в налоговый орган по месту своего учета сведения о доходах физических лиц и суммах начисленных и удержанных налогов. Сведения представляются по форме N 2-НДФЛ "Справка о доходах физического лица".
---------------------
Кроме того применение упрощенной системы налогообложения организациями предусматривает их освобождение от обязанности по уплате налога на прибыль организаций (за исключением налога, уплачиваемого с доходов, облагаемых по налоговым ставкам, предусмотренным пунктами 3 и 4 статьи 284 Налогового кодекса)
Уплата налога осуществляется в том числе по месту нахождения филиала, исходя из доли прибыли, приходящейся на него.
При этом данные пункты регламентируют налоговые ставки при получении дивидендов и доходов по гос. ценным бумагам. А такие доходы получает сама организация, филиал такие доходы получить не может. Соответственно и уплачивать по месту нахождения филиала налог на прибыль не нужно будет.
Налогоплательщик считается утратившим право на применение упрощенной системы налогообложения с начала того квартала, в котором допущено несоответствие указанным требованиям применения УСН (п. 4.1. ст. 346.13 НК РФ)
Налогоплательщик обязан сообщить в налоговый орган о переходе на иной режим налогообложения, осуществленном в соответствии с пунктами 4, 4.1 ст. 346.13 НК РФ, в течение 15 календарных дней по истечении отчетного (налогового) периода.