Не подавали декларацию как налоговый агент

Здравствуйте уважаемый Виктор, в первую очередь Вам необходимо написать заявление в департамент Имущества г. Москвы, на возврат излишне уплаченный суммы, то есть произвести расчет, сколько Вы должны за этот период были уплатить НДС в ФНС самостоятельно, а уплатили в департамент.

Скажите при подписании договора аренды с департаментом, Вы уже являлись ИП? То есть договор заключался с Вами как с ИП или с физ.лицом?

Это является определяющим моментом, поскольку если как с физ.лицом заключали а статус ИП получили в последующем, то платить Вы не являетесь налоговым агентом.

Если изначально по договору Вы ИП, то с момента заключения договора, Вы являетесь налоговым агентом по НДС. Тут ничего уже не сделать, придется платить всю сумму с пеней.

Письмо ФНС РФ от 13.07.2009 N ШС-22-3/562@ «О порядке применения налога на добавленную стоимость при реализации муниципального имущества физическим лицам»
Федеральная налоговая служба в связи с обращениями налоговых органов по вопросу налогообложения налогом на добавленную стоимость операций по реализации на территории Российской Федерации муниципального имущества, не закрепленного за муниципальными предприятиями и учреждениями, составляющего муниципальную казну соответствующего городского, сельского поселения или другого муниципального образования, физическим лицам, сообщает следующее.
На основании статьи 143 Налогового кодекса Российской Федерации (далее — Кодекс) организации признаются налогоплательщиками налога на добавленную стоимость. При этом исключений из числа налогоплательщиков для органов, входящих в систему органов государственной власти и органов местного самоуправления, не предусмотрено.
В соответствии с подпунктом 1 пункта 1 статьи 146 Кодекса объектом налогообложения налогом на добавленную стоимость признаются операции по реализации товаров (работ, услуг) на территории Российской Федерации, в том числе реализация предметов залога и передача товаров (результатов выполненных работ, оказание услуг) по соглашению о предоставлении отступного или новации, а также передача имущественных прав.
Пунктом 2 статьи 146 Кодекса определен перечень операций, не признаваемых объектами налогообложения налогом на добавленную стоимость. В данный перечень включены передача имущества государственных и муниципальных предприятий, выкупаемого в порядке приватизации, а также выполнение работ (оказание услуг) органами, входящими в систему органов государственной власти и органов местного самоуправления, в рамках выполнения возложенных на них исключительных полномочий в определенной сфере деятельности в случае, если обязательность выполнения указанных работ (оказания услуг) установлена законодательством Российской Федерации, законодательством субъектов Российской Федерации, актами органов местного самоуправления.
Операции по реализации государственного и муниципального имущества, не входящего в состав имущественного комплекса государственных и муниципальных предприятий, выкупаемого в порядке приватизации, в перечне, указанном в пункте 2 статьи 146 Кодекса, не предусмотрены.
Учитывая изложенное, операции по реализации муниципального имущества, не закрепленного за муниципальными предприятиями и учреждениями, составляющего муниципальную казну соответствующего городского, сельского поселения или другого муниципального образования, подлежат налогообложению налогом на добавленную стоимость.
При этом пунктом 3 статьи 161 Кодекса (в редакции Федерального закона от 26.11.2008 N 224-ФЗ «О внесении изменений в часть первую, часть вторую Налогового кодекса Российской Федерации и отдельные законодательные акты Российской Федерации») установлено, что при реализации (передаче) на территории Российской Федерации муниципального имущества, не закрепленного за муниципальными предприятиями и учреждениями, составляющего муниципальную казну соответствующего городского, сельского поселения или другого муниципального образования, налог на добавленную стоимость в бюджет уплачивают налоговые агенты -покупатели (получатели) указанного имущества, за исключением физических лиц, не являющихся индивидуальными предпринимателями.Таким образом, при реализации на территории Российской Федерации муниципального имущества, не закрепленного за муниципальными предприятиями и учреждениями, составляющего муниципальную казну соответствующего городского, сельского поселения или другого муниципального образования, физическим лицам, обязанность по исчислению и уплате налога на добавленную стоимость возникает у органов местного самоуправления, осуществляющих операции по реализации данного имущества.
С Министерством финансов Российской Федерации согласовано (письмо Минфина России от 19.06.2009 N 03-07-15/92).
Действительный
государственный советник
Российской Федерации
2 класса
С.Н.ШУЛЬГИН

Здравствуйте. Налоговой ответственности Вам увы не избежать, т.к. налог не уплачивали, декларацию не подавали. Незнание, как Вы понимаете, не освобождает.

Статья 122. Неуплата или неполная уплата сумм налога (сбора)

1. Неуплата или неполная уплата сумм налога (сбора) в результате занижения налоговой базы, иного неправильного исчисления налога (сбора) или других неправомерных действий (бездействия), если такое деяние не содержит признаков налоговых правонарушений, предусмотренных статьями 129.3 и 129.5 настоящего Кодекса,

Поэтому Вам необходимо заплатить сумму налога в полном объеме и представить документы, что данная сумма также уплачивалась Вами при внесении арендных платежей. Тогда данные действия могут признать смягчающим обстоятельством.

Статья 112. Обстоятельства, смягчающие и отягчающие ответственность за совершение налогового правонарушения
1. Обстоятельствами, смягчающими ответственность за совершение налогового правонарушения, признаются:
1) совершение правонарушения вследствие стечения тяжелых личных или семейных обстоятельств;
2) совершение правонарушения под влиянием угрозы или принуждения либо в силу материальной, служебной или иной зависимости;
2.1) тяжелое материальное положение физического лица, привлекаемого к ответственности за совершение налогового правонарушения;
(пп. 2.1 введен Федеральным законом от 27.07.2006 N 137-ФЗ)
3) иные обстоятельства, которые судом или налоговым органом, рассматривающим дело, могут быть признаны смягчающими ответственность.

Тогда

Статья 114. Налоговые санкции
3. При наличии хотя бы одного смягчающего ответственность обстоятельства размер штрафа подлежит уменьшению не меньше, чем в два раза по сравнению с размером, установленным соответствующей статьей настоящего Кодекса.

Пеню уменьшить не получиться ни при каких обстоятельствах,

Привет, Виктор!
Сейчас у вас фактически два нарушения. Во-первых у вас недоимка по налогу, который вы должны были удержать и уплатить в бюджет. Во-вторых, вы не подали в срок декларацию на эту сумму налогу.

За первое предусмотрен штраф по статье 123 НК РФ, за второе — по статье 119 НК РФ. Для обоих случаев установлены срок, то есть и срок уплаты и срок подачи декларации. Оба эти срока вы нарушили. Так что здесь особо ничего не придумаешь. Налоговый орган может оштрафовать вас по обоим эпизодам.

Здравствуйте, выложите пожалуйста договор аренды. Что в нем сказано по поводу НДС?