Какова законность отметки в трудовой книжке и странность начисления северной надбавки?

в трудовом договоре указан оклад с пояснением, что в него включены доплаты и надбавки компенсационного характера в том числе за работу в сложных климатических условиях, в расчетных листах так же отсутствуют какие либо надбавки, только оклад.

Это неправильно. Трудовой кодекс РФ обязывает работодателя разделять оклад и различные надбавки:

Статья 135. Установление заработной платы

Заработная плата работнику устанавливается трудовым договором в соответствии с действующими у данного работодателя системами оплаты труда.
Системы оплаты труда, включая размеры тарифных ставок, окладов (должностных окладов), доплат и надбавок компенсационного характера, в том числе за работу в условиях, отклоняющихся от нормальных, системы доплат и надбавок стимулирующего характера и системы премирования, устанавливаются коллективными договорами, соглашениями, локальными нормативными актами в соответствии с трудовым законодательством и иными нормативными правовыми актами, содержащими нормы трудового права.

Статья 136. Порядок, место и сроки выплаты заработной платы
При выплате заработной платы работодатель обязан извещать в письменной форме каждого работника:
1)о составных частях заработной платы, причитающейся ему за соответствующий период;

2) о размерах иных сумм, начисленных работнику, в том числе денежной компенсации за нарушение работодателем установленного срока соответственно выплаты заработной платы, оплаты отпуска, выплат при увольнении и (или) других выплат, причитающихся работнику;
3) о размерах и об основаниях произведенных удержаний;
4) об общей денежной сумме, подлежащей выплате.

Порядок заполнения трудовой книжки установлен Постановлением Минтруда РФ от 10.10.2003 г. «Об утверждении инструкции по заполнению трудовых книжек»:

3.1. В графе 3 раздела «Сведения о работе» трудовой книжки в виде заголовка указывается полное наименование организации, а также сокращенное наименование организации (при его наличии).
Под этим заголовком в графе 1 ставится порядковый номер вносимой записи, в графе 2 указывается дата приема на работу.
В графе 3 делается запись о принятии или назначении в структурное подразделение организации с указанием его конкретного наименования (если условие о работе в конкретном структурном подразделении включено в трудовой договор в качестве существенного), наименования должности (работы), специальности, профессии с указанием квалификации, а в графу 4 заносятся дата и номер приказа (распоряжения) или иного решения работодателя, согласно которому работник принят на работу. Записи о наименовании должности (работы), специальности, профессии с указанием квалификации производятся, как правило, в соответствии со штатным расписанием организации. В случае если в соответствии с федеральными законами с выполнением работ по определенным должностям, специальностям или профессиям связано предоставление льгот либо наличие ограничений, то наименования этих должностей, специальностей или профессий и квалификационные требования к ним должны соответствовать наименованиям и требованиям, предусмотренным соответствующими квалификационными справочниками.
Изменения и дополнения, внесенные в установленном порядке в квалификационные справочники, штатное расписание организации, доводятся до сведения работников, после чего в их трудовые книжки на основании приказа (распоряжения) или иного решения работодателя вносятся соответствующие изменения и дополнения.
Если работнику в период работы присваивается новый разряд (класс, категория и т.п.), то об этом в установленном порядке производится соответствующая запись.
Установление работнику второй и последующей профессии, специальности или иной квалификации отмечается в трудовой книжке с указанием разрядов, классов или иных категорий этих профессий, специальностей или уровней квалификации. Например, слесарю-ремонтнику была установлена вторая профессия «Электрогазосварщик» с присвоением 3 разряда. В этом случае в трудовой книжке в графе 1раздела «Сведения о работе» ставится порядковый номер записи, в графе 2 указывается дата установления второй профессии, в графе 3делается запись: «Установлена вторая профессия „Электрогазосварщик“ с присвоением 3 разряда», в графе 4 указывается соответствующее удостоверение, его номер и дата.
По желанию работника запись в трудовую книжку сведений о работе по совместительству производится по месту основной работы на основании документа, подтверждающего работу по совместительству. В графе 1 раздела «Сведения о работе» трудовой книжки ставится порядковый номер записи, в графе 2 указывается дата приема на работу в качестве совместителя, в графе 3 делается запись о принятии или назначении в качестве совместителя в структурное подразделение организации с указанием его конкретного наименования (если условие о работе в конкретном структурном подразделении включено в трудовой договор в качестве существенного), наименования должности, специальности, профессии с указанием квалификации, в графе 4 указывается наименование документа, на основании которого внесена запись, со ссылкой на его дату и номер. В таком же порядке производится запись об увольнении с этой работы.

3.2. Если за время работы работника наименование организации изменяется, то об этом отдельной строкой в графе 3 раздела «Сведения о работе» трудовой книжки делается запись: «Организация такая-то с такого-то числа переименована в такую-то», а в графе 4 проставляется основание переименования — приказ (распоряжение) или иное решение работодателя, его дата и номер.

Здравствуйте, Алексей!

Эта запись в трудовой книжке не является верной.

Во-первых, ЯНАО — это район Крайнего Севера (Постановление Совмина СССР от 3 января 1983г. № 12, ред. от 3 марта 2012г.). Это северной район, а не приравненный к Северу.
Во-вторых, подобные записи не предусмотрены правилами ведения трудовых книжек. Вам должны были выдать справку о работе в районе Крайнего Севера.
Скорее всего, Вам придётся позже в ПФР доказывать, что Вы работали на Севере. Нужно будет предоставлять справку о периоде работы у данного работодателя. А если его уже не будет, вам могут не зачесть северный стаж. Требуйте справку сейчас. Пишите заявление работодателю с требованием справки о периоде работы, с указанием должности, дат и номеров приказов о приёме и увольнении, с указанием всех реквизитов организации, с отметкой о том, что Вы работали в районе Крайнего Севера. Это стандартная справка, работодатель знает, как её оформлять. Заявление подаётся в двух экземплярах, на Вашем должна остаться отметка о принятии. Не принимают — отправьте почтой, с описью вложения и уведомлением о вручении. сохраните копию. Не отвечают — жалоба в инспекцию труда или прокуратуру. Позаботьтесь об этом сейчас. Это очень важная справка.
Окладом называется фиксированный размер оплаты труда за исполнение трудовых за календарный месяц без учета компенсационных, стимулирующих и социальных выплат(ст.129 ТК). Поэтому если в трудовом договоре написано слово «оклад», работодатель обязан начислять на этот оклад районные коэффициенты и надбавки.
Если Вы немедленно обратитесь в суд, Вы сможете взыскать с работодателя недоплаченную зарплату за последние три месяца. Дело в том, что работник имеет право обратиться в суд за разрешением трудового спора в течение трёх месяцев с того дня, как он узнал о нарушении своих прав (ст.392 ТК). Обо всём, что Вы недополучили ранее, можно забыть. За последние три месяца — можно взыскать. Тем более, у Вас есть трудовой договор и расчётные листки без указания в них северных надбавок и районных коэффициентов.