Здравствуйте, интересный вопрос, прямого ответа в законодательстве на него нет, однако, проанализировав подзаконные акты, можно сделать вывод, что платить налог вашему сыну при продаже не придется.
Минфин в Письме от 14.04.2016 г. N 03-04-05/21566 указал следующее:
Согласно статье 235 Гражданского кодекса Российской Федерации изменение состава собственников, в том числе переход имущества к одному из участников общей долевой собственности, не влечет для этого лица прекращения права собственности на указанное имущество. При этом на основании статьи 131 Гражданского кодекса Российской Федерации изменение состава собственников имущества предусматривает государственную регистрацию такого изменения.
Таким образом, изменение размера доли налогоплательщика в праве собственности на квартиру не прерывает срок нахождения указанного имущества в собственности налогоплательщика.
Учитывая изложенное, в случае если квартира находилась в собственности налогоплательщика (независимо от изменения размера доли в праве собственности на указанную квартиру) более трех лет, то доходы от продажи указанной квартиры не подлежат налогообложению налогом на доходы физических лиц.
Ваш случай аналогичный — квартира находилась в собственности сына с 1994 года, то есть более трех лет, соответственно, налог при продаже платить не нужно.