Как уйти из организации на законных основаниях без компенсации затрат работодателю?

Здравствуйте! Для начала необходимо учитывать следующее:

Под филиалом юридического лица, в том числе общества, понимается его обособленное подразделение, расположенное вне места нахождения юридического лица и осуществляющее все его функции или их часть (п. 2 ст. 55 ГК РФ, п. 2 ст. 5 Закона об ООО). Филиал не является самостоятельным участником гражданских правоотношений, права и обязанности по совершенным им от имени общества в пределах правомочий, предоставленных доверенностью, также возникают непосредственно у самого общества (также п. 1 ст. 182 ГК РФ).

На основании приведенных положений, филиал не может быть ликвидирован, как организация (юридическое лицо), хотя бы потому что он таковой являться не может. Исходя из сведений представленных в вашем вопросе, произошло следующее:

1) был закрыт филиал (не являющийся юридическим лицом по закону), который в договоре именуется организацией. Так уж составлен договор.

2) Самой же организацией является НОУ ВПО «Московский-финансово промышленный университет „Синергия“. Университет как юридическое лицо ликвидирован, соответственно, не был.

В силу ст. 53 ГК РФ и п. 2 ст. 2 Закона об ООО общество, как и любое другое юридическое лицо, приобретает гражданские права и принимает на себя гражданские обязанности через свои органы (филиалы — прим.), действующие в соответствии с законом, иными правовыми актами и учредительными документами

Права и обязанности упраздненного филиала остаются за головной организацией.

То, что данный договор подлежит расторжению, еще ничего не меняет.

Если уволитесь, то выплаты компенсации, Вам не избежать.