Может ли нотариус отказать в оформлении договора купли-продажи квартиры?

Здравствуйте!

нет, она не права. Ваше право собственности действительно вне зависимости от отсутствия в ЕГРП.

Статья 6. Признание ранее возникших прав
1. Права на недвижимое имущество, возникшие до момента вступления в силу настоящего Федерального закона, признаются юридически действительными при отсутствии их государственной регистрации, введенной настоящим Федеральным законом.

налога не будет. срок владения исчисляется с 1998 года.

Нотариус не права, Вы являетесь собственниками с января 1998 года независимо от регистрации права собственности в Росреестре и наличия свидетельства о праве собственности. Обратитесь к другому нотариусу, это проще всего. Просто нотариус даже не знает того, что более свидетельства о праве собственности с 15 июля не выдаются, единственным документом подтверждающим регистрацию права является выписка из Росреестра, это о многом говорит. Можно получить отказ, письменный от нотариуса и обжаловать его в суде. Но проще найти нормального нотариуса.

Выписка из ГПК РФ:
Глава 37. РАССМОТРЕНИЕ ЗАЯВЛЕНИЙ О СОВЕРШЕННЫХ
НОТАРИАЛЬНЫХ ДЕЙСТВИЯХ ИЛИ ОБ ОТКАЗЕ В ИХ СОВЕРШЕНИИ
Статья 310. Подача заявления о совершенном нотариальном действии или об отказе в его совершении
1. Заинтересованное лицо, считающее неправильными совершенное нотариальное действие или отказ в совершении нотариального действия, вправе подать заявление об этом в суд по месту нахождения нотариуса или по месту нахождения должностного лица, уполномоченного на совершение нотариальных действий.
2. Заявление подается в суд в течение десяти дней со дня, когда заявителю стало известно о совершенном нотариальном действии или об отказе в совершении нотариального действия.
3. Возникший между заинтересованными лицами спор о праве, основанный на совершенном нотариальном действии, рассматривается судом в порядке искового производства.