Уважаемый Тим,
Начну с конца. Отвечать на вопросы типа «в чью пользу будет решение суда» — дело неблагодарное, т.к. надо анализировать значительно большие объемы информации, чем возможно представить здесь, поэтому я принципиально не отвечаю на подобные вопросы.
Относительно возможности обращения в суд. Существует норма о праве преждепользования, которой, видимо, и пытается воспользоваться ООО. Однако, преждепользование необходимо доказывать, есть ли такие доказательства, на какой объем использования изобретения они распространяются, ответить по приведенной информации невозможно.
Второй момент, который мне показался интересным — ООО возможно сумеет доказать отсутствие новизны у изобретения (или изобретательского уровня). Подобная процедура существует, проводится в Палате по патентным спорам.
Самое важное: пока патент действует, то могут быть предъявлены претензии, может быть подан иск в суд. Сумеет ли ООО предпринять ответные действия (аннулирование патента в Палате по патентным спорам, докажет преждепользование) неизвестно.
На месте патентообладателя я бы поступил следующим образом. Собрал бы доказательства, обратился бы к патентному поверенному за консультациями (посмотреть иск, проверить доказательства, оценить вероятность успеха по всем материалам (доказательства, патент, претензия, ответ на претензию и т.д.)), подал бы иск о признании нарушения прав и компенсации.