Правомерен ли вычет из зарплаты через 12 месяцев?

Кроме того, работодатель не вправе взыскивать ущерб без Вашего согласия и без судебного решения, поскольку согласно ст.391 ТК РФ:

В судах рассматриваются индивидуальные трудовые споры по заявлениям работника, работодателя или профессионального союза, защищающего интересы работника, когда они не согласны с решением комиссии по трудовым спорам либо когда работник обращается в суд, минуя комиссию по трудовым спорам, а также по заявлению прокурора, если решение комиссии по трудовым спорам не соответствует трудовому законодательству и иным актам, содержащим нормы трудового права.

Непосредственно в судах рассматриваются индивидуальные трудовые споры по заявлениям:
работника — о восстановлении на работе независимо от оснований прекращения трудового договора, об изменении даты и формулировки причины увольнения, о переводе на другую работу, об оплате за время вынужденного прогула либо о выплате разницы в заработной плате за время выполнения нижеоплачиваемой работы, о неправомерных действиях (бездействии) работодателя при обработке и защите персональных данных работника;

работодателя — о возмещении работником ущерба, причиненного работодателю, если иное не предусмотрено федеральными законами.