Владимир, здравствуйте! По общему правилу все правильно, уволить Вы ее не можете, если только не ликвидируетесь, либо не уговорите написать по собственному желанию. В соответствии со ст. 261 ТК РФ
Расторжение трудового договора по инициативе работодателя с беременной женщиной не допускается, за исключением случаев ликвидации организации либо прекращения деятельности индивидуальным предпринимателем.
Однако, это не значит что работник может себе просто так позволять не работать и пользоваться своим «положением», для этого Трудовой кодекс предусмотрел меры воздействия, например
ТК РФ, Статья 192. Дисциплинарные взыскания
За совершение дисциплинарного проступка, то есть неисполнение или ненадлежащее исполнение работником по его вине возложенных на него трудовых обязанностей, работодатель имеет право применить следующие дисциплинарные взыскания:
1) замечание;
2) выговор;
3) увольнение по соответствующим основаниям.
Федеральными законами, уставами и положениями о дисциплине (часть пятая статьи 189 настоящего Кодекса) для отдельных категорий работников могут быть предусмотрены также и другие дисциплинарные взыскания.
Третий пункт во внимание не берем, а вот выговор сделать можно, что в итоге можете сказаться на выплате премии, фактически придется оплатить голый оклад, меньше, увы, вряд ли получится.
С Уважением!
Ну если возможно закрыть ООО, то закрывайте, если нет, то применяйте дисциплинарные взыскания.