Можно ли обжаловать снятие с учета ИП за недоплату?

Здравствуйте Попробовать можете, но бесполезно. Вы обязаны сразу уплатить всю сумму в полном объеме, последующие доплаты никого не волнуют и возможность зачета переплаты тоже.

МИНИСТЕРСТВО ФИНАНСОВ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
ПИСЬМО
от 6 июля 2015 г. N 03-11-09/38742
Департамент налоговой и таможенно-тарифной политики на письмо о порядке применения патентной системы налогообложения сообщает.
В соответствии с пунктом 2 статьи 346.51 Налогового кодекса Российской Федерации (далее — Кодекс) налогоплательщики производят уплату налога по месту постановки на учет в налоговом органе в следующие сроки (если иное не установлено пунктом 3 данной статьи Кодекса):
1) если патент получен на срок до шести месяцев — в размере полной суммы налога в срок не позднее срока окончания действия патента;
2) если патент получен на срок от шести месяцев до календарного года:
в размере одной трети суммы налога в срок не позднее девяноста календарных дней после начала действия патента;
в размере двух третей суммы налога в срок не позднее срока окончания действия патента.
Согласно подпункту 3 пункта 6 статьи 346.45 Кодекса налогоплательщик считается утратившим право на применение патентной системы налогообложения и перешедшим на общий режим налогообложения с начала налогового периода, на который ему был выдан патент, в случае, если этим налогоплательщиком не был уплачен налог в сроки, установленные пунктом 2 статьи 346.51 Кодекса.
В этом случае снятие с учета в налоговом органе индивидуального предпринимателя осуществляется в течение пяти дней со дня истечения срока уплаты налога (пункт 3 статьи 346.46 Кодекса).
Указанный индивидуальный предприниматель вправе вновь перейти на патентную систему налогообложения по этому же виду предпринимательской деятельности не ранее чем со следующего календарного года (пункт 8 статьи 346.45 Кодекса).