Правомерно ли требование ИФНС о доплате, если была подана уточненная декларация и доплачен НДС?

Нина, уточните «доплатили НДС» и «расхождение» это разные суммы.

Если вы подавали уточненную декларацию и в рамках камеральной проверки претензий не было, значит ФНС не нашло расхождений между предоставленными и имеющимися данными. Но если в отношении того же периода были установлены факты неверного исчисления НДС в рамках ВНП, то ранее проведенная камеральная проверка не препятствует доначислению НДС.

В добавок отмечу, что в уточненной декларации инспекторы вправе проверить все показатели, а не только измененные. Даже если до этого в первичной они не нашли нарушений (письмо Минфина России от 14.07.15 № 03-02-07/1/40441).

Чтобы избежать штрафа, нужно выполнить два условия (подп. 1 п. 4 ст. 81 НК РФ):
— подать «уточненку» до того момента, когда налоговики выявят ошибку или назначат выездную проверку (письмо Минфина России от 20.06.12 № 03-04-05/8-751);

— перед подачей «уточненки» уплатить недостающую сумму налога и пени (определения Верховного суда РФ от 10.08.15 № 302-КГ15-8611 и от 20.04.15 № 305-КГ15-2410, ВАС РФ от 06.03.13 № ВАС-2085/13, постановления Арбитражного суда Московского округа от 08.12.15 № А40-49926/15 и от 02.12.14 № Ф05-11817/2014).