Какими нормами должны регулироваться штрафы на вахтовой работе?

Здравствуйте, Евгений!

Такого дисциплинарного взыскания как штраф вообще не существует по трудовому законодательству.

Согласно ст. 192 Трудового кодекса РФ:

За совершение дисциплинарного проступка, то есть неисполнение или ненадлежащее исполнение работником по его вине возложенных на него трудовых обязанностей, работодатель имеет право применить следующие дисциплинарные взыскания:
1) замечание;
2) выговор;
3) увольнение по соответствующим основаниям.

Это исчерпывающий перечень взыскания.

Поэтому имеются основания для обращения с жалобой в гос. инспекцию труда или в прокуратуру. А также — в суд с исковым заявлением.