На каком заседании суда работодатель может заявить о сроке исковой давности по выплате зарплаты?

В любом судебном заседании до вынесения решения по существу

Главное — он должен об этом заявить и не важно, какое это заседание по счёту.

ТК РФ, Статья 392. Сроки обращения в суд за разрешением индивидуального трудового спора
За разрешением индивидуального трудового спора о невыплате или неполной выплате заработной платы и других выплат, причитающихся работнику, он имеет право обратиться в суд в течение одного года со дня установленного срока выплаты указанных сумм, в том числе в случае невыплаты или неполной выплаты заработной платы и других выплат, причитающихся работнику при увольнении.

На исход процесса это не повлияет, т.к. давность применима к моменту обращения в суд.