Нужно ли при увольнении из ВС РФ по состоянию здоровья выплачивать военную ипотеку?

Если все ваша выслуга военная, а не смешанная со службой в полиции, милиции, то при увольнении по состоянию здоровья у вас возникает право на выплату денежных средств, дополняющих накопления для жилищного обеспечения.

ст. 4 ФЗ «О накопительно-ипотечной системе жилищного обеспечения военнослужащих»

1. Реализация права на жилище участниками накопительно-ипотечной системы осуществляется посредством:

…

3) выплаты по решению федерального органа исполнительной власти и федерального государственного органа, в которых федеральным законом предусмотрена военная служба, за счет средств федерального бюджета, выделяемых соответствующим федеральному органу исполнительной власти и федеральному государственному органу, в размере и в порядке, которые устанавливаются Правительством Российской Федерации, денежных средств, дополняющих накопления для жилищного обеспечения, учтенные на именном накопительном счете участника, до расчетного размера денежных средств, которые мог бы накопить участник накопительно-ипотечной системы в период от даты предоставления таких средств до даты, когда общая продолжительность его военной службы в календарном исчислении (далее — общая продолжительность военной службы) могла бы составить двадцать лет (без учета дохода от инвестирования).
2. Выплата денежных средств, указанных в пункте 3 части 1 настоящей статьи, производится:
1) участникам накопительно-ипотечной системы, указанным в пункте 2 статьи 10 настоящего Федерального закона, при общей продолжительности военной службы от десяти до двадцати лет;

ст. 10 Федерального закона:

Основанием возникновения права на использование накоплений, учтенных на именном накопительном счете участника, в соответствии с настоящим Федеральным законом является:

...

2) увольнение военнослужащего, общая продолжительность военной службы которого составляет десять лет и более:
…
б) по состоянию здоровья — в связи с признанием его военно-врачебной комиссией ограниченно годным к военной службе;

Таким образом, вам положены допвыплаты за 5 лет, которые вы не дослужили до 20 календарей. 5 лет х 260141 руб. (годовой накопительный взнос на одного участника НИС в 2017 году). Расчет приблизительный так как должны учитываться полные года, месяцы  и дни с даты исключения из списков в части и до даты, когда общая продолжительность военной службы должна была составить 20 лет.

После получения этих средств можете направить их на досрочное погашение ипотеки. Если их не хватит, то дальше кредит платите самостоятельно.