Не совсем понятно причем здесь деньги в разных местах. Уточните вам уже что инкриминируют или нет? Если нет, то согласно вашего вопроса, в ваших действиях состава преступления нет. Вы выполнили приказ командира и все, то что потом все разбежались в самоволку, это уже не ваша проблема. По поводу денег: кроме слов, должны быть какие либо доказательства, который должны предоставить эти военнослужащие, вы никому ничего не должны доказывать, на это существует презумпция невиновности.
Уголовно Процессуальный Кодекс РФ, Статья 14. Презумпция невиновности
1. Обвиняемый считается невиновным, пока его виновность в совершении преступления не будет доказана в предусмотренном настоящимКодексом порядке и установлена вступившим в законную силу приговором суда.
2. Подозреваемый или обвиняемый не обязан доказывать свою невиновность. Бремя доказывания обвинения и опровержения доводов, приводимых в защиту подозреваемого или обвиняемого, лежит на стороне обвинения.
3. Все сомнения в виновности обвиняемого, которые не могут быть устранены в порядке, установленном настоящим Кодексом, толкуются в пользу обвиняемого.
4. Обвинительный приговор не может быть основан на предположениях.
Данный факт был вскрыт и ведет проверка органами прокуратуры
Какой конкретно был вскрыт факт? Что вы лично самовольно покинули часть? Другие военнослужащие при вашей помощи покинули часть?.. Вы взяли деньги за оказание помощи военнослужащим покинуть часть? и т.д. Проверка заявления органами прокуратуры — это не обязательно возбуждение уголовного дела.