Законно ли был произведен окончательный расчет?

Здравствуйте, Лариса.

На мой взгляд, в совокупности применяя нормы ТК РФ

Удержания из заработной платы работника производятся только в случаях, предусмотренных настоящим Кодексом и иными федеральными законами.
Удержания из заработной платы работника для погашения его задолженности работодателю могут производиться:
для возмещения неотработанного аванса, выданного работнику в счет заработной платы;
при увольнении работника до окончания того рабочего года, в счет которого он уже получил ежегодный оплачиваемый отпуск, за неотработанные дни отпуска. Удержания за эти дни не производятся, если работник увольняется по основаниям, предусмотренным пунктом 8 части первой статьи 77 или пунктами 1, 2 или 4 части первой статьи 81, пунктах 1, 2, 5, 6 и 7 статьи 83 настоящего Кодекса.
ст. 137, «Трудовой кодекс Российской Федерации» от 30.12.2001 N 197-ФЗ (ред. от 01.07.2017) {КонсультантПлюс}

Общий размер всех удержаний при каждой выплате заработной платы не может превышать 20 процентов, а в случаях, предусмотренных федеральными законами, — 50 процентов заработной платы, причитающейся работнику.
ст. 138, «Трудовой кодекс Российской Федерации» от 30.12.2001 N 197-ФЗ (ред. от 01.07.2017) {КонсультантПлюс}

Полагаю, сначала нужно удержать переплату по отпускным (причем не более 20% от заработной платы), а потом уже по исполнительному документу что полагается, но в общем удержания не могут превысить 50% начисленной заработной платы.