Здравствуйте!
Суды в большинстве случаев встают на сторону работника, указывая, что не только больничный лист, но и справка о временной нетрудоспособности является юридически значимым документом, подтверждающем состояние здоровья работника, из-за которого он не смог выйти на работу. В данном же случае дополнительным подтверждением Вашей действительной нетрудоспособности является оформленный Вам уже на следующий день листок временной нетрудоспособности.
Таким образом, если работодатель все же попытается квалифицировать Ваше временное отсутствие на работе на основании справки о временной нетрудоспособности как прогул и затребует от Вас письменное объяснение по данному факту, то советую написать в его адрес и зарегистрировать письменную объяснительную, в которой изложить причины отсутствия на работе и главное — приложите к объяснительной вышеупомянутую медицинскую справку!
Также имейте в виду, что оплачивать нетрудоспособность за день отсутствия на работе по справке вместо больничного листка Вам не обязаны.