Имеют ли право не возвращать проект реконструкции помещения на доработку?

Им вы должна были направить копию проекта, однако, если вы приложили им оригинал, то можно попытаться его вернуть, путем написания на имя главы Администрации заявление, с прошением о том, чтобы вам вернули оригинал проекта на реконструкцию нежилого помещения и обосновали причину отказа в выдаче разрешения. Все это излагаете в письменном виде и направляете по почте заказным письмом с уведомлением, и в течение месяца с момента получения письма вам обязаны ответить, а в случае не ответа уже напишите жалобе у в Прокуратуру.

Здравствуйте Андрей!

Вам необходимо обратиться в Администрацию с заявлением о возврате оригинала проекта если в Вашем случае был представлен подлинник. 

Администрация обязана рассмотреть Ваше заявление и вернуть оригинал документа, представленный Вами. В случае не рассмотрения заявления в установленные сроки или отказе вернуть оригинал Вы вправе обжаловать данное действие Администрации в прокуратуре или суде.

Здравствуйте, Андрей в соответствии с Градостроительным кодексом РФ, статья 51, пункт 7 в целях строительства, реконструкции объекта капитального строительства застройщик направляет заявление о выдаче разрешения на строительство непосредственно в уполномоченные на выдачу разрешений на строительство  орган исполнительной власти, орган исполнительной власти субъекта Российской.  К указанному заявлению прилагаются необходимые документы для выдачи разрешения. Вы получили отказ, в кодексе не предусмотрен возврат, представленных документов. Думаю будет проще обратится в проектную организацию что бы распечатали еще экземпляры.