Здравствуйте!
В соответствии с п.1 ст.6 Федерального закона от 28.03.1998г. №53-ФЗ
«О воинской обязанности и военной службе», граждане на время медицинского освидетельствования, медицинского обследования или лечения для решения вопросов о постановке их на воинский учет, об обязательной подготовке к военной службе, о призыве или добровольном поступлении на военную службу, поступлении в мобилизационный людской резерв, призыве на военные сборы, а также на время исполнения ими других обязанностей, связанных с воинским учетом, обязательной подготовкой к военной службе, призывом или добровольным поступлением на военную службу, поступлением в мобилизационный людской резерв и призывом на военные сборы, освобождаются от работы или учебы с сохранением за ними места постоянной работы и выплатой среднего заработка по месту постоянной работы.
Аналогичные гарантии предусмотрены и п.2 Правил компенсации расходов, понесенных организациями и гражданами Российской Федерации в связи с реализацией Федерального закона «О воинской обязанности и военной службе», утвержденных постановлением Правительства РФ от 01.12.2004г. №704.
Данными Правилами предусмотрено, что компенсация расходов по выплате работникам среднего заработка в случае прохождения медицинского обследования осуществляется организациям-работодателям военными комиссариатами за счет средств федерального бюджета, предусмотренных на эти цели Министерству обороны РФ. В соответствии с п.5 Правил, выплата компенсации осуществляется на основании представляемых получателями компенсации сведений о размере фактических расходов (с указанием банковских реквизитов счетов для перечисления компенсации). Для подтверждения указанных расходов организации предоставляют заверенные в установленном порядке копии соответствующих документов. Организация представляет указанные сведения на официальном бланке, при этом документ скрепляется подписью руководителя (заместителя руководителя) и основной печатью организации (при наличии печати).
Таким образом, для возмещения сумм среднего заработка за время медицинского обследования Ваша организация-работодатель должна направить в соответствующий военкомат сообщение на своем официальном бланке, где указать сведения о размере фактических расходов по возмещению Вам среднего заработка (с указанием банковских реквизитов счетов для перечисления компенсации), копию приказа об освобождении Вас от работы по направлению военкомата для прохождения медобследования (если такой издавался), справку о Вашей средней зарплате.
Пояснения Вашего начальника о том, что якобы Вами были пропущены какие-либо сроки, являются неправомерными. В таком случае советую Вам написать (с вышеуказанными мной ссылками на нормы действующего законодательства) на имя руководителя Вашей организации официальное заявление с просьбой о возмещении Вам положенных по закону расходов на прохождение медобследования по направлению военкомата. К заявлению обязательно приложите все имеющиеся у Вас справки, направления и т.д., выданные военкоматом. Заявление обязательно зарегистрируйте у секретаря.