Как должен поступить заместитель командира полка в этом случае?

Во-первых, жалобу на дознавателя надо подавать не заместителю полка а в военную прокуратуру, ибо на прокуратуру возложен надзор в этой сфере. порядок обжалования следующий: сначала — руководителю дознания, затем — в военную прокуратуру, затем — в суд в порядке ст.125 УПК РФ. 

Здравствуйте!

Инструкция органам дознания Вооруженных Сил Российской Федерации, других войск, воинских формирований и органов, в которых законом предусмотрена военная служба

Статья 2

В соответствии со ст.40 УПК РФ к органам дознания в Вооруженных Силах Российской Федерации, других войсках, воинских формированиях и органах (далее органы дознания) относятся командиры воинских частей, соединений, начальники военных учреждений или гарнизонов*.

Статья 29

Доказательства, полученные с нарушением требований УПК РФ, являются недопустимыми, не имеют юридической силы и не могут быть положены в основу обвинения, а также использоваться для доказывания любого из обстоятельств, предусмотренных ст.73 УПК РФ (ч.1 ст.75 УПК РФ).К недопустимым доказательствам относятся:

1) показания подозреваемого, обвиняемого, данные в ходе досудебного производства по уголовному делу в отсутствие защитника, включая случаи отказа от защитника, и не подтвержденные подозреваемым, обвиняемым в суде;

2) показания потерпевшего, свидетеля, основанные на догадке, предположении, слухе, а также показания свидетеля, который не может указать источник своей осведомленности;

3) иные доказательства, полученные с нарушением требований УПК РФ (ч.2 ст.75 УПК РФ).

Назначает дознавателей командир части, своим приказом. Он может отстранить «старого» дознавателя по этому делу и назначить другого.