Как проверить договор со сторонней компанией, которая помогает взять ипотеку для ИП?

Добрый день, Евгений!
Обратите внимание на п. 5.3 проекта договора:

Исполнитель не несет ответственности в случае неодобрения Банком кредита.

А также на п. 2.1 (перечень обязанностей Исполнителя).
Всё, что указанно в данном перечне Вы можете сделать самостоятельно, без привлечения третьих лиц. 
По факту — договор об оказании услуг (консультирование). Условия данного договора не гарантируют одобрение кредита, как впринципе и никто кроме банка не может Вам одобрить или содействовать в одобрении кредита.
Удачи !