Добрый вечер, Юлия! Самая главная проблема в вашей организации, что неправильно толкуется понятие «рабочего врмени».
Статья 91 Трудового кодекса РФ дает определение рабочего времени.
Рабочее время — время, в течение которого работник в соответствии с правилами внутреннего трудового распорядка организации и условиями трудового договора должен исполнять трудовые обязанности, а также иные периоды времени, которые в соответствии с законами и иными нормативными правовыми актами относятся к рабочему времени. Исходя из этого, в правах сторон трудовых отношений определять границы рабочего времени, устанавливать начало рабочего дня, его окончание, время на обеденный перерыв, а также режим рабочего времени, посредством которого обеспечивается отработка установленной действующим законодательством нормы рабочего времени.
Как правило, в рабочее время включаются периоды выполнения основных и подготовительно-заключительных мероприятий (подготовка рабочего места, получение наряда, получение и подготовка материалов, инструментов, ознакомление с технической документацией, подготовка и уборка рабочего места, сдача готовой продукции и т.п.), и не включается обеденный перерыв.
В вашем случае фактически отработанное время может не совпадает с установленно правилами внутреннего трудового распорядка или трудовым договором нормой рабочего времени. Работа сверх установленной работнику продолжительности рабочего времени также считается рабочим временем со всеми вытекающими отсюда правовыми последствиями даже в том случае, если работодатель привлекал работника к такой работе в нарушение законодательства и работник не обязан был ее исполнять. В подобных случаях следует руководствоваться определением рабочего времени, которое дано в Конвенции МОТ N 30 (1930 г.),где под рабочим временем понимается период, в течение которого трудящийся находится в распоряжении работодателя. Аналогичные определения рабочего времени даны в Конвенциях МОТ N 51, 61.
Исходя из всего изложенного, вы можете обратиться в инспекцию по труду с жалобой о неправомерном исчислении рабочего времени. Так же, вы можете обратиться с иском в суд.