Как лучше донести до контрагента наше нежелание подписывать к договору протокол разногласий?

Добрый день!

 На территории нашего государства установлена свобода договора. Вас никто не может обязать заключить договор на тех условиях, которые Вас не устраивают. но также и Вы не можете принудить контрагента к заключению такого договора. 

Что касается нежелания контрагента вносить изменения в текст договора — вероятнее всего это желание юристов, для того, чтобы в дальнейшем им было удобнее работать с договором (скорее всего компания заключает много аналогичных договоров и если юристы видят договор без протокола — знают что он типовой, условия все им известны и не нужно вчитываться, видят протокол — сразу видны согласованные изменения типовых условий). Для Вас это не удобнее, чем внести изменения в тело договора, но и никаких минусов также  иметь не будет, за исключением ситуации с утерей протокола разногласий, к примеру. 

Думаю не стоит переживать и вполне спокойно можно составить протокол разногласий. Если контрагент в конечном счете даже его не подпишет (а Вы подпишите и у Вас будет доказательство его наличия у контрагента) либо согласует лишь в части, но приступит к исполнению договора, то те условия которые Вас не устроили в договоре и были изменены протоколом будут считаться вообще не согласованными и в их части будет действовать ГК РФ (за исключением существенных условий договора, которые должны быть согласованы для заключения договора).