Как засчитывать срок наказания осужденному в данном случае?

При назначении наказания лицу ранее осужденному и не отбывшему дополнительное наказание по предыдущему приговору суд руководствуется ст. 69, 70 УК РФ — в зависимости от времени совершения второго преступления относительно приговора по первому делу. Окончательное ДОПОЛНИТЕЛЬНОЕ наказание будет назначаться по правилам ч.4 ст.69 УК РФ или ч. 5 ст.70 УК РФ. При этом суд учитывает следующее:

В случае, когда за два или более преступления наряду с основным наказанием назначается один и тот же вид дополнительного наказания, окончательный его срок или размер при частичном или полном сложении наказаний не может превышать максимальный срок или размер, предусмотренный для данного вида наказания Общей частью УК РФ. Если же за различные преступления, входящие в совокупность, судом назначены разные виды дополнительного наказания, то они с приведением соответствующих размеров и сроков должны быть указаны в приговоре и при назначении окончательного наказания по совокупности преступлений.

Подробнее см. п. п. 59, 60 Постановления Пленума Верховного Суда РФ от 22.12.2015 N 58 (ред. от 29.11.2016) «О практике назначения судами Российской Федерации уголовного наказания».