Здравствуйте
Да, должны выплатить, если другого рейса не было, поэтому по прибытии на новое место службы, предоставьте документы, подтверждающие оплату Вашего проезда.
Статья 20. Проезд на транспорте. Почтовые отправления
<a href=«www.zakonrf.info/zakon-o-statuse-voennosluzhaschih/» title=«Закон » О="" статусе="" военнослужащих""="">Закон «О статусе военнослужащи
6. Военнослужащий имеет право на приобретение проездных документов для себя и членов своей семьи на все виды транспорта вне очереди при следовании в служебную командировку, на новое место военной службы, а также к месту использования отпуска и обратно. При этом военнослужащий, проходящий военную службу по контракту, направляемый в служебную командировку, пользуется правом на бронирование и получение вне очереди места в гостинице по командировочному удостоверению.