Как лучше оформить аренду нежилого помещения для ИП?

Здравствуйте, Алексей! 

Собственник помещения (физ.лицо) хочет сдать его в аренду через свою сестру (ИП с налогом 6%).

Алексей

Если реализовать схему Собственник — договор аренды с ИП — договор субаренды с Вами, то получится следующая налоговая нагрузка: собственник заплатит 13% НДФЛ, плюс ИП заплатит 6%, так как в конечном итоге собственник получит деньги от аренды. Странная налоговая оптимизация получается. 

или один договор с ИП, который получит доверенность от собственника? (макс.срок доверенности 3 года или больше?)

Алексей

Доверенность означает полномочия на сдачу имущества в аренду от имени собственника и на заключение договора аренды от имени собственника же. Действуя по доверенности, ИП не станет ни собственником, ни арендодателем. Он будет только представителем собственника, т.е. арендодателя.

заключить два договора — аренды и субаренды (тогда их надо оба регистрировать)

Алексей

Если оба будут на срок более года, то регистрировать оба. 

Как вариант, можно реализовать следующую схему: Собственник передаёт ИП имущество по договору безвозмездного пользования, а ИП передает его Вам по договору аренды. 

Но в соответствии с законом и практикой налоговых органов и судов, индивидуальный предприниматель, получающий по договору в безвозмездное пользование имущество и применяющий упрощенную систему налогообложения, включает в состав доходов доход в виде безвозмездно полученного права пользования имуществом, определяемый исходя из рыночных цен, по которым он сдает это имущество в аренду.

Следовательно, ИП будет платить налог дважды: 6% с дохода в виде безвозмездно полученного права и 6% с получаемой от Вас арендной платы. Таким образом, экономия собственника на налогах 100%, ИП же увеличивает налоговую нагрузку в 2 раза. Но если считать и собственника, и ИП единым целым (скажем так), то экономия составит 7 %. Только возникает вопрос о том, каким образом ИП будет передавать денежные средства собственнику при этом. Но это уже не Ваш вопрос.