Как прекратить деятельность в качестве предпринимателя?

Здравствуйте. Для начала надо разобраться в том, чего вы хотите. Если вы хотите доказать, что налоговая необоснованно вам отказалась в ликвидации ИП и не известила вас вовремя об отказе, то можете обжаловать это в вышестоящую налоговую инстанцию или суд. Думаю, суд пойдёт вам навстречу (исходя из незначительности допущенной вами ошибки в заявлении). Деятельность ИП будет прекращена датой принятия первоначального решения по заявлению. Но если ИП фактически продолжало работать, суд однозначно заинтересует, почему после подачи заявления о прекращении деятельности, ИП продолжал работать? Кроме того, суд заинтересуется, почему вы только спустя 5 месяцев выяснили результат своего обращения… Возможно, суд посчитает, что отсутствие ответа о прекращении ИП было вам на руку и полностью вас устраивало, вы продолжали деятельность и признает действия налоговой правомерными. Да, вы направили заявление о прекращении ИП и не обязаны бегать в налоговую каждый день, чтобы узнать результат. Но, в данном случае, речь идёт о добросовестности участников гражданских правоотношений. Таким образом, разрешить данный вопрос можно либо обжаловав  в вышестоящую инстанцию, либо в суд. 

Добрый вечер, Дмитрий.

Вы можете обжаловать незаконные действия должностных лиц налоговых органов в порядке статей 137 — 139.2 Налогового Кодекса РФ.