Как оплатить счет, предоставленный исполнителем в данной ситуации?

Добрый день, Екатерина 

можно заключить отдельный договор на сумму перебора (если возможно выделить отдельно часть услуг)

если договором было предусмотрено изменение объема услуг на 10%, заключить доп.соглашение об увеличении на 10% объема и цены. Если такого пункта нет, подписывать доп.соглашение не посоветую, поскольку есть разъясняющие письма контролирующих органов, что по 44-фз цена договора является твердой в тч. и для договоров с единственным поставщиком.

Ряд заказчиков переподписывают договор повторно, но это  не имеет легального характера. 

Добрый день.

В соответствии с подпунктом «б» пункта 1 части 1 статьи 95 Закона о контрактной системе изменение существенных условий контракта при его исполнении не допускается, за исключением их изменения по соглашению сторон в следующих случаях, если возможность изменения условий контракта была предусмотрена документацией о закупке и контрактом, а в случае осуществления закупки у единственного поставщика (подрядчика, исполнителя) контрактом если по предложению заказчика увеличиваются предусмотренные контрактом количество товара, объем работы или услуги не более чем на десять процентов… При этом по соглашению сторон допускается изменение с учетом положений бюджетного законодательства Российской Федерации цены контракта пропорционально дополнительному количеству товара, дополнительному объему работы или услуги исходя из установленной в контракте цены единицы товара, работы или услуги, но не более чем на десять процентов цены контракта. …

То есть вы можете заключить дополнительное соглашение об увеличении цены контракта только на 10 % с соответствующим увеличением количества товара. Все суммы и товары, что превышают 38,5 тр можно оформить договором до 100 тр., если поставщик не указывал в накладных в качестве основания этот контракт или пойдет вам навстречу и переделает первичные документы.